La gouvernance du RUIJ est un facteur déterminant pour sa réussite. Chaque réseau est unique en son genre et il n’y a pas de cadre universel pour en baliser l’exercice.  En ce sens, la gouvernance du RUIJ est à inventer en tenant compte d’une part de la nature même de ce réseau et d’autre part, de la nature particulière du RUIJ.